U Zemunu je bilo pomena o hrišćanima već oko hiljadite godine naše ere. U Zemunu je bilo pomena o hrišćanima već oko hiljadite godine naše U jedanaestom veku se velike vojske kreću u Sveti grad na hodoščašće prelazeći preko Zemuna.
Katolici i franjevci se spominju u vreme slavnog Janoša Hunjadija. Međutim, prvo spominjanje katoličke crkve javlja se odmah posle oslobođenja od Turske 1717. godine. Istoričari su našli da se 1724. godine umrli sahranjuju na groblju pored crkve. Postoji podatak da kapucini vode matične knjige rođenih od 1721. godine, od 1727. godine knjigu venčanih i od 1728. godine matičnu knjigu umrlih.
Kapucini se spominju kao graditelji prve crkve već oko 1735. godine, tako što su postojeću tursku džamiju preuredili u crkvu. Pod crkve je bio od pečene cigle, a dograđeni toranj od drveta. Jedan od najznačajnijih monumenata je kopija slike „Madone sa detetom“ nemačkog renesansnog slikara Luke Kranahana iz 1514. godine. Predpostavlja se da se ova slika nalazi u crkvi od njene izgradnje.
Prve orgulje su u ovo zdanje unete 1745. godine. Predstavljale su za ono vreme nešto što je privlačilo ne samo katolike vernike već i sve ostale u Zemunu, koji je rastao. Godine 1784. je počelo rušenje postojeće crkve i izgradnja nove crkve. U ovu crkvu je 1787. godine vraćena slika „Madone sa detetom“, odnosno Marije pomoćnice hrišćana, koja je zbog rušenja stare crkve preneta u franjevački samostan.
Problemi oko završetka izgradnje ove crkve trajali su više decenija i preneti su u naredni vek.
Kao završetak zvonika se spominje 1817. godina i to povodom dolaska Franca Prvog u Zemun.
Zbog starosti, crkva je bila popravljana više puta, a najznačajniju restauraciju imala je 1894. godine. Dobila je tada novi oltar, značajne slike i dosta inventara sa stolovima. Svečano osvećenje je bilo na Veliku Gospojinu 1894. godine. Posle Drugog svetskog rata mnogi dragoceni predmeti iz crkve su nestali, a od onih najvrednijih slika na kojoj je predstavljena Marija pomoćnica hrišćana- Zemunska Gospa, koja je 1980. godine restaurirana, kada je zastakljena a srebrne krune stavljene na staklo.
