Hrišćani franjevačkog reda pominju se već u 13. veku. U Zemun dolaze kao misionari, a posebno se ističu prilikom najezde Turaka, krajem četrnaestog veka, kad su bili u prvim odbrambenim redovima Beograda i Zemuna. Sremom upravljaju Ugari koji 1454. godine odbranu od turskih osvajača poveravaju svom najboljem vojskovođi Janošu Hunjadiju. Janoš Hunjadi je dobio više bitaka protiv osmanlijskih osvajača, ali treba napomenuti da mu je u tome najviše pomogao franjevac Ivan Kapistran, koji je pozvao sve hrišćanske zemlje da stanu u odbranu i spreče tursku invaziju. Njegovom pozivu odazvale su se mnoge srednjeevropske zemlje.
Krstaška vojska koja se odazvala na poziv Franjevaca, stala je zvanično pod komandu Janoša Hunjadija iako su je predvodili Franjevci. Razbijena turska vojska beži glavom bez obzira ali za sobom ostavlja kugu, od koje obolevaju Hunjadi i Kapistran. Janoš Hunjadi umire 11. avgusta 1456. godine u svom logoru na brdu Gardošu, a Milenijumska kula koja je podignuta na tom mestu i danas se u žargonu naziva Jankovom ili Hunjadijevom, iako je on sahranjen u rodnom mestu koje se zove Alba Julija u današnjoj Rumuniji.
Ivan Kapistran umire odmah posle njega, 23. oktobra 1456.godine, a 1690. godine proglašen je od strane pape Aleksandra VIII za sveca. Turci osvajaju Zemun 1521. godine i sve do 1717. godine tu ostaju, a za to vreme franjevci se povlače iz Zemuna. Posle oslobođenja Zemuna 1717. godine franjevci se vraćaju u Zemun, gde se ističu dvoreći zaražene od kuge. Crkvu i samostan podižu 1752. godine, a već 1790. godine crkva je izgorela.
Izgradnja nove crkve kakvu danas vidimo započeta je 1830. godine, a kasnije je popravljana i restaurirana. Ovaj samostan ima istorijsku vrednost a u samom samostanu od umetničkih dela treba izdvojiti sliku Crne Gospe koja je nastala u XVIII veku kao kopija Čenstohovske Gospe.
